Determinar la cepa del paciente requería previamente una secuenciación larga del genoma completo

0


El año pasado, el patólogo Jeffrey SoRelle, MD, y sus colegas desarrollaron CoVarScan, una prueba rápida de COVID-19 que detecta las firmas de ocho puntos críticos en el virus SARS-CoV-2. Ahora, después de probar CoVarScan en más de 4000 muestras de pacientes recolectadas en UT Southwestern, el equipo informa en Química Clínica que su prueba es tan precisa como otros métodos utilizados para diagnosticar COVID-19 y puede diferenciar con éxito entre todas las variantes actuales de SARS-CoV-2.

«Usando esta prueba, podemos determinar muy rápidamente qué variantes hay en la comunidad y si está surgiendo una nueva variante», dijo el Dr. SoRelle, profesor asistente de patología y autor principal del estudio. «También tiene implicaciones para pacientes individuales cuando tratamos con variantes que responden de manera diferente a los tratamientos».

Los resultados de las pruebas en el Centro de Genómica Humana Once Upon a Time de UT Southwestern han ayudado a los líderes de salud pública a rastrear la propagación de COVID-19 en el norte de Texas y a tomar decisiones políticas basadas en la prevalencia de variantes. Los médicos también han utilizado los resultados para elegir anticuerpos monoclonales que sean más efectivos contra ciertas cepas que infectan a pacientes críticos con COVID-19.

Si bien existen otras pruebas para el COVID-19, generalmente detectan un fragmento de material genético del SARS-CoV-2 o moléculas pequeñas que se encuentran en la superficie del virus, y no brindan información para identificar la variante. Además, a muchos investigadores les preocupa que estas pruebas no sean precisas para detectar algunas variantes, o que puedan pasar por alto cepas futuras. Para determinar qué variante de COVID-19 tiene un paciente, los científicos generalmente deben usar la secuenciación del genoma completo, que requiere mucho tiempo y es costosa, y se basa en equipos y análisis sofisticados para deletrear la secuencia completa de ARN contenida en los virus.

A principios de 2021, el Dr. SoRelle y sus colegas de UT Southwestern querían hacer un seguimiento de qué tan bien detectaban las pruebas actuales las variantes emergentes del SARS-CoV-2. Pero se dieron cuenta de que secuenciar muchas muestras no sería oportuno ni rentable, por lo que diseñaron su propia prueba, trabajando en el Núcleo de Secuenciación de Próxima Generación del Centro McDermott, parte del Centro Eugene McDermott para el Crecimiento y Desarrollo Humano dirigido por Helen Hobbs. , MD, Profesor de Medicina Interna y Genética Molecular.

CoVarScan se concentra en ocho regiones del SARS-CoV-2 que comúnmente difieren entre las variantes virales. Detecta pequeñas mutaciones, donde varía la secuencia de los componentes básicos del ARN, y mide la longitud de las regiones genéticas repetitivas que tienden a crecer y reducirse a medida que evoluciona el virus. El método se basa en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), una técnica común en la mayoría de los laboratorios de patología, para copiar y medir el ARN en estos ocho sitios de interés.

Para probar qué tan bien funciona CoVarScan, el equipo del Dr. SoRelle realizó la prueba en más de 4000 muestras de hisopos nasales positivos para COVID-19 recolectadas en UT Southwestern desde abril de 2021 hasta febrero de 2022, de pacientes con y sin síntomas. Las pruebas se validaron con la secuenciación del genoma completo estándar de oro, y los médicos utilizaron los resultados para elegir tratamientos en algunos pacientes críticos con COVID-19.

En comparación con la secuenciación del genoma completo, CoVarScan tuvo una sensibilidad del 96 % y una especificidad del 99 %. Identificó y diferenció las variantes Delta, Mu, Lambda y Omicron de COVID-19, incluida la versión BA.2 de Omicron, alguna vez conocida como «Stealth Omicron» porque no apareció en algunas pruebas diseñadas para detectar solo la cepa Omicron. .

«Una crítica común a este tipo de prueba es que requiere un ajuste constante para las nuevas variantes, pero CoVarScan no ha necesitado ningún ajuste en más de un año; aún funciona muy bien», dijo el Dr. SoRelle. «En el futuro, si tuviéramos que ajustarlo, podríamos agregar fácilmente hasta 20 o 30 puntos de acceso adicionales a la prueba».

El Dr. SoRelle planea continuar desarrollando CoVarScan como prueba comercial y tiene una solicitud de patente pendiente basada en este trabajo. Como inventor de la prueba PCR de genotipado para variantes, el Dr. SoRelle tiene derecho a recibir ingresos por su uso.

Otros investigadores de UTSW que contribuyeron a este estudio incluyen a Andrew Clark, Zhaohui Wang, Emily Ostman, Hui Zheng, Huiyu Yao, Brandi Cantarel, Mohammed Kanchwala, Chao Xing, Li Chen, Pei Irwin, Yan Xu, Dwight Oliver, Francesca Lee, Jeffrey Gagan , Laura Filkins, Alagarraju Muthukumar, Jason Park y Ravi Sarode.

El Dr. Hobbs ocupa la Cátedra Dallas Heart Ball de 1995 en Investigación de Cardiología, la Cátedra Distinguida Philip O’Bryan Montgomery, Jr., MD en Biología del Desarrollo y la Cátedra Distinguida Eugene McDermott para el Estudio del Crecimiento y Desarrollo Humano. El Dr. Sarode tiene la cátedra John H. Childers, MD en Patología.

También podría gustarte
Deja una respuesta

Su dirección de correo electrónico no será publicada.

This website uses cookies to improve your experience. We'll assume you're ok with this, but you can opt-out if you wish. Accept Read More