El auge y la caída de la era de las preocupaciones variantes en África occidental – ScienceDaily

El estudio encontró que los esfuerzos globales para rastrear las variantes subestimaron severamente una variante probablemente perturbadora, eta, que circulaba en Nigeria a principios de 2021. Esto fue seguido por la circulación de un subrayado delta raro en la región que era diferente de la variante delta que circuló. en la mayoría de los casos. otras partes del globo.

«Nigeria es el séptimo país más poblado del planeta, pero había muy pocos datos de secuenciación viral disponibles de Nigeria hasta que comenzamos este estudio», dijo el coautor del estudio, Judd Hultquist. «La preocupación de tener estas brechas en la vigilancia es que pueden aparecer nuevas variantes en lugares del mundo que no estamos viendo. No queremos que nos tomen por sorpresa si de repente surge una nueva variante con propiedades únicas en el escenario mundial».

Hultquist es director asociado del Centro de Genómica de Patógenos y Evolución Microbiana de la Facultad de Medicina Feinberg de la Universidad Northwestern. También es profesor asistente de medicina de enfermedades infecciosas en Feinberg.

«Este estudio demuestra la necesidad crítica de cooperación internacional en la vigilancia de enfermedades infecciosas en regiones submuestreadas para el seguimiento y la detección de ‘alerta temprana’ de nuevas variantes del SARS-CoV-2 con un potencial preocupante», dijo Ramón Lorenzo-Redondo, coautor del estudio corresponsal. .

Lorenzo-Redondo es profesor asistente de medicina y director de bioinformática en el Centro de Genómica de Patógenos y Evolución Microbiana en Feinberg.

El estudio fue publicado el 3 de febrero en Comunicaciones de la naturaleza.

Los científicos de Northwestern secuenciaron casi 400 hisopos nasales de pacientes nigerianos con COVID-19, recolectados por el colaborador Dr. Moses Adewumi y su equipo en la Universidad de Ibadan, quienes enviaron las muestras a Northwestern para su secuenciación y análisis. Los científicos de Ibadan aún no tenían el equipo o los recursos para secuenciar las muestras en su institución.

«Lo que encontramos fue realmente inesperado», dijo Hultquist.

«Las lagunas en la vigilancia nos dejan vulnerables»

Los investigadores de Northwestern descubrieron dos variantes diferentes del virus que surgieron en Nigeria en diferentes momentos, pero que se han subestimado en gran medida.

«Mostramos que una de esas variantes, ahora llamada eta por la Organización Mundial de la Salud, tenía todas las características de una variante perturbadora», dijo Hultquist. «La proteína espiga de la variante eta fue más eficiente para promover la infección in vitro y mejoró la evasión viral de las respuestas de anticuerpos neutralizantes después de la infección natural. Además, eta pudo superar a la variante alfa en la región antes de la infección. llegada del delta .

«Cuando el alfa circulaba, estaba en el centro de las preocupaciones de los funcionarios de salud pública y se informó ampliamente en los medios. Pero la edad era más importante en Nigeria y otros países de África Occidental, superando incluso al alfa en estas regiones, y hemos perdido por completo “Este tipo de brechas en la vigilancia nos dejan vulnerables. ¿Cuánto tiempo estamos dispuestos a correr el riesgo de que surja una variante importante y nos la perdamos hasta que ya esté aquí?

Se sospecha que varias otras variantes perturbadoras, incluidas beta y omicron, se originaron en África, lo que subraya la importancia de monitorear estas regiones submuestreadas. Los científicos de Sudáfrica pronto identificaron la variante omicron y advirtieron que podría representar una nueva variante inquietante, lo que permitiría que otros países se prepararan.

«Tenían toda la razón», dijo Hultquist.

Las diferencias en los tipos de virus SARS-CoV-2 que se encuentran en Nigeria en comparación con el resto del mundo sugieren que hay algo en la región que está impulsando la evolución de estas variantes únicas, que los científicos no comprenden por completo.

En Nigeria se está produciendo una dinámica viral muy diferente. ¿Cómo?

«En este estudio, observamos expansiones repetidas de linajes poco comunes a nivel mundial en Nigeria, lo que indica una dinámica viral muy diferente que ocurre en Nigeria en comparación con otras regiones del mundo», dijo Lorenzo-Redondo.

El país reportó hospitalizaciones relativamente bajas y un bajo número de muertes durante la pandemia, a pesar de las bajas tasas de vacunación y una población de más de 200 millones. Aunque es posible que el bajo número de casos y hospitalizaciones se deba a una subestimación, se cree que el número de muertes es más preciso. Parte de la explicación de esta baja tasa de mortalidad puede ser la población general más joven de Nigeria, «pero lo más probable es que otros factores complejos aún por comprender que involucran la inmunidad del huésped y/o las interacciones virus-huésped estén jugando un papel importante», dijo Lorenzo- Redondo.

“El hecho de que hayamos visto repetidamente variantes extrañas en Nigeria sugiere que el virus está allí y en cantidades lo suficientemente altas como para evolucionar activamente”, dijo Hultquist.

Para identificar qué variantes pueden ser problemáticas, los científicos se basan en la frecuencia con la que las ven y si están asociadas con aumentos de casos, hospitalizaciones o muertes. Pero si aparece una variante en Nigeria, donde hay poca secuenciación, los científicos podrían pasar por alto las primeras señales de advertencia. Para cuando se propaga por todo el mundo, es demasiado tarde, dijo Hultquist.

“Necesitamos comenzar a tratar esta pandemia como una verdadera pandemia global”, dijo Hultquist. «Este estudio demuestra cómo nuestra falta de un esfuerzo de vigilancia genómica global dedicado da como resultado datos sesgados con riesgos potenciales. Es importante comprender qué nuevas variantes están surgiendo para informar las mejores prácticas en la atención clínica y la política de salud pública».

La recolección de muestras de África occidental es actualmente demasiado difícil

Pero muchos países de ingresos bajos y medianos necesitan más apoyo. El esfuerzo requerido para obtener los campeones de Nigeria muestra los desafíos inherentes a estos esfuerzos. Los investigadores de Ibadan tuvieron que viajar a Lagos, la ciudad más grande del país, para obtener hielo seco, a veces manejando entre cuatro y 10 horas en caminos que a veces están en malas condiciones para hacerlo. Después de regresar para empacar las muestras en hielo, tuvieron que conducir de regreso a Lagos para enviarlas a los Estados Unidos en un total de cuatro viajes, a menudo arduos.

Un mejor acceso a equipos de secuenciación, suministros y capacitación permitiría realizar más actividades de vigilancia en Nigeria. La creación de capacidad para este tipo de trabajo en otros países sigue siendo un objetivo importante del Centro de Genómica de Patógenos y Evolución Microbiana y el Instituto de Salud Global en Feinberg.

Este estudio fue posible gracias al equipo de colaboración a largo plazo dirigido por el Dr. Babafemi Taiwo, jefe de enfermedades infecciosas en Feinberg, entre la Universidad Northwestern y la Universidad de Ibadan.

Otros autores de Northwestern incluyen al Dr. Egon Ozer, Babafemi Taiwo, Lacy Simons, Taylor Dean y al Dr. Mamoudou Maiga.

La investigación fue financiada en parte por el Northwestern Havey Institute for Global Health, la Dixon Family Foundation y el Northwestern Center for Advanced Technologies, Third Coast CFAR P30 AI117943, subvención NIH R21 AI163912, subvención NIH U19 AI135964, subvención NIH D43 TW009608, NIH Fogarty International Center premio D43TW009608, NIH grant R35 GM118187 y NIH-NIAID Center for Structural Genomics of Infectious Diseases premio HHSN272201700060C.

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