El mapeo de genes colónicos proporciona información sobre la enfermedad intestinal – ScienceDaily

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Usando una técnica llamada transcriptómica espacial, los investigadores del Instituto Karolinska en Suecia analizaron la expresión génica en el colon del ratón y crearon un mapa que muestra dónde se expresan los genes individuales en el tejido. Cuando superpusieron datos de transcripción humana previamente conocidos en el mapa, los investigadores obtuvieron nuevos conocimientos sobre la enfermedad inflamatoria intestinal (EII). El estudio se publica en la revista Comunicaciones de la naturaleza.

El equipo utilizó una técnica conocida como transcriptómica espacial (ST) para mapear la actividad genética de células individuales en el colon murino. Según los investigadores, esta es la primera vez que alguien ha podido visualizar el panorama de expresión génica de todo el intestino, en la salud y la recuperación después de una lesión.

«Nuestra visualización guiada por transcriptómica espacial nos permitió descubrir varios aspectos previamente desconocidos, como el hecho de que el colon se divide en más segmentos de lo que se pensaba», dice el autor correspondiente del estudio Eduardo J. Villablanca, profesor del Departamento de Medicina. Solna en el Instituto Karolinska.

Cuando los resultados se combinaron con datos de transcripción conocidos de tejido humano, los científicos notaron que la ubicación de algunas células intestinales era la misma tanto en ratones como en humanos, lo que convirtió al modelo en una herramienta para comprender cómo diferentes enfermedades, como la EII, afectan el colon. .

En un estudio anterior, el equipo de investigación de Eduardo J. Villablanca demostró que la colitis ulcerosa se puede dividir en dos subgrupos con diferentes expresiones génicas. Con referencia al nuevo mapa, pudieron demostrar que los genes de las formas más difíciles de tratar de la enfermedad se encontraron en tejidos aún más dañados.

“Asimismo, el mapa genético se puede utilizar para ver dónde están activas las células del colon humano, lo que puede contribuir significativamente al desarrollo de nuevos tratamientos y fármacos”, dice Villablanca.

La transcriptómica espacial fue desarrollada en SciLifeLab por científicos del KTH Royal Institute of Technology y el Karolinska Institutet. Permite la visualización de la expresión génica en tejido. Sin embargo, para visualizar un órgano tubular largo como el colon, los investigadores detrás de este estudio aplicaron la técnica de una nueva manera. Al enrollar el colon como un rollo suizo, pudieron ajustar y mapear todo el paisaje de expresión génica de un órgano largo.

“Ahora queremos usar el mismo método para crear un atlas similar para todos los órganos digestivos, desde la boca hasta el recto”, explica Villablanca. “Nuestro objetivo es crear un mapa de referencia para la expresión génica de todos estos tejidos”.

Un atlas genético de todo el órgano digestivo será útil de muchas maneras, por ejemplo, para explorar el vínculo entre las bacterias intestinales y la expresión de genes celulares y para obtener una mejor comprensión de cómo las diferentes dietas afectan sus diversas funciones.

El estudio se llevó a cabo en el Karolinska Institutet con el apoyo financiero, entre otros, del Consejo Sueco de Investigación, el Consejo Sueco de Investigación para el Medio Ambiente, las Ciencias Agrícolas y la Planificación Espacial (Formas), la Sociedad Sueca del Cáncer y la Fundación Knut y Alice Wallenberg.

Algunos de los autores han informado declaraciones de interés: Eduardo J. Villablanca recibió financiamiento para investigación de la compañía farmacéutica F. Hoffmann-La Roche; y Camilla Engblom, Ludvig Larsson y Joakim Lundeberg son asesores científicos de 10X Genomics, que adquirió Spatial Trancriptomics en 2018.

Fuente de la historia:

Materiales proporcionados por Instituto Karolinska. Nota: El contenido se puede cambiar por estilo y longitud.

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