La ciencia búsqueda sistemas de detección rápida de las nuevas variantes del coronavirus para evitar la cuarta ola | Ciencia

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En lo peor de la tercera ola, España solo secuenció el 0,078% de las muestras de pacientes infectados por coronavirus; era como intentar saber el tamaño de un enorme iceberg con solo la palma de la mano. El país está instalando un sistema de vigilancia epidemiológica para analizar sectores aleatorios de la población y conocer la verdadera prevalencia de la variante británica y otras preocupantes como la brasileña o la sudafricana. Varios sistemas, algunos ya comerciales, otros en desarrollo, podrían acelerar esta tarea ante la posibilidad de una cuarta ola.

“La vigilancia epidemiológica de nuevas variantes es más importante que nunca”

Iñaki Comas, genetista

Un estudio publicado recientemente describe un nuevo sistema de diagnóstico rápido que podría ser parte de la solución en la lucha contra nuevas variantes. Fue diseñado por el equipo del investigador Juan Carlos Izpisua del Salk Institute en California con la idea de conseguir una forma rápida y económica de saber si alguien está infectado y con qué variante.

“Este método es económico y práctico”, explica Izpisua. “El operador no tiene que tener ninguna experiencia previa, simplemente ponga la muestra biológica en un tubo de ensayo. Puede ser en la sala de emergencias de cualquier hospital o llevarlo a cualquier lugar, residencia, escuela y tener una evaluación rápida y precisa de los patógenos presentes en una determinada comunidad sin ninguna infraestructura especial ”, agrega.

Actualmente, los diagnósticos positivos se realizan con una máquina de PCR que tarda poco más de dos horas. Luego, se debe secuenciar el genoma completo del virus encontrado en cada paciente. Ambos sistemas son muy fiables y proporcionan una gran cantidad de información.

El prototipo diseñado por el equipo de Izpisua hace un trabajo menos minucioso, pero a cambio es muy rápido. Cabe en un estuche de transporte y consiste en una prueba rápida que puede analizar muestras de 96 pacientes a la vez y saber si están infectados en 15 minutos. El sistema incorpora un secuenciador genético de bolsillo. Este dispositivo no lee el genoma completo del virus, que tiene 30.000 letras, sino solo partes específicas donde se encuentran las mutaciones que caracterizan a cada variante, en este caso la británica. La secuenciación lleva poco más de tres horas, lo que lleva el tiempo de análisis completo a alrededor de tres horas y media, mucho menos de lo que normalmente se requiere con PCR y secuenciadores convencionales. Los detalles del sistema se publicaron en la revista. Medicina.

Este dispositivo se sumaría a otros ya existentes en el mercado y que han sido fundamentales en el seguimiento de nuevas variantes. Un método desarrollado por la Universidad de Oxford se ha utilizado en laboratorios móviles que pueden realizar pruebas rápidas en ubicaciones remotas e incluso identificar nuevas variantes.

La revolucionaria técnica de edición de genes CRISPR también le permite diagnosticar un contagio en 40 minutos. Hace solo unos días, científicos del centro estatal de análisis genómico en Nueva Delhi, India, anunciaron en La lanceta un nuevo método de diagnóstico que utiliza CRISPR y que permite detectar un contagio y la variante de interés en una hora y media y por un precio de unos 10 euros.

Un sistema desarrollado por el equipo de Juan Carlos Izpisua permite diagnosticar un contagio e identificar la variante en menos de cuatro horas

La ventaja del prototipo Izpisua es que también podría detectar otros virus cuyos síntomas podrían confundirse con el covid, como la influenza y otros coronavirus distintos al SARS-CoV-2. “La sensibilidad es comparable a las pruebas de PCR actuales”, explica Izpisua. “La tasa estimada de falsos negativos es del 3,8% y la precisión estimada para la detección del SARS-CoV-2 es del 93,0%”, añade, a cuya investigación también asistió la Universidad Católica de San Antonio de Murcia.

“En países desarrollados como España, la PCR no es un problema, no habría necesidad de sustituirla por sistemas como este”, explica Carmen Cámara, portavoz de la Sociedad Española de Inmunología. “Pero este tipo de herramienta permitiría un seguimiento de las variantes mucho más completo que el actual, y mucho más rápido, lo cual es muy importante. Aquí en España tenemos que tener un seguimiento mucho mejor que el que tenemos ”, subraya. Además, este tipo de dispositivo puede ser imprescindible en el tercer mundo, donde no hay abundancia de PCR ”, añade.

La Unión Europea recomienda a los países secuenciar el genoma de al menos el 10% de todos los casos detectados por PCR, un objetivo del que España está todavía muy lejos y que solo es superado por países como Reino Unido o Dinamarca, que están haciendo un esfuerzo especial en la secuenciación.

“Debido a la disminución de casos a nivel nacional, ahora tenemos que secuenciar alrededor del 5% de todos los casos positivos”, explica Iñaki Comas, codirector del consorcio español que monitorea los genomas del coronavirus. Comas subraya que a pesar del descenso de las infecciones “estamos en un momento muy peligroso”. “La vigilancia epidemiológica de nuevas variantes es más importante que nunca. Aún tenemos una buena parte de la población que no está vacunada y eso reduce la presión selectiva sobre el virus y le puede dar espacio para encontrar nuevas soluciones, por ejemplo mutaciones que le permitan escapar de las vacunas ”, subraya.

“Este tipo de dispositivo supone un paso adelante en la aplicación de técnicas de secuenciación masiva en el diagnóstico y caracterización de patógenos”, afirma Fernando González Candelas, codirector del consorcio español de secuenciación y genetista de la Universidad de Valencia. “Funcionará mejor con virus, pero también podría propagarse a bacterias, con algunas modificaciones”, señala.

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