La fusión de la epidemiología clásica y la genómica es una utensilio para futuras pandemias: ScienceDaily

«A medida que surjan variantes, ocurrirán nuevos brotes», dijo Bart Weimer, profesor de salud y reproducción de la población en la Facultad de Medicina Veterinaria de UC Davis. La fusión de la epidemiología clásica con la genómica proporciona una herramienta que las autoridades de salud pública podrían utilizar para predecir el curso de las pandemias, ya sea coronavirus, gripe o algún patógeno nuevo.

Aunque solo tiene 15 genes, el SARS-CoV-2 está en constante mutación. La mayoría de estos cambios hacen poca diferencia, pero a veces el virus se vuelve más o menos transmisible.

Weimer y el estudiante de posgrado DJ Darwin R. Bandoy analizaron inicialmente los genomas de 150 cepas de SARS-CoV-2, principalmente de brotes en Asia antes del 1 de marzo de 2020, así como información epidemiológica y de transmisión de esos brotes. Clasificaron los brotes por fase: índice (sin brote), despegue, crecimiento exponencial y disminución. La facilidad de transmisión de un virus está determinada por el valor R, o número reproductivo, donde R es el número promedio de nuevas infecciones causadas por cada persona infectada.

Combinaron toda esta información en una métrica llamada GENI, para la identidad del genoma del patógeno. La comparación de los puntajes GENI con la fase de una epidemia mostró que un aumento en la variación genética precedió inmediatamente al crecimiento exponencial de los casos, por ejemplo, en Corea del Sur a fines de febrero. En Singapur, sin embargo, las explosiones de variación se asociaron con brotes más pequeños que las autoridades de salud pública pudieron controlar rápidamente.

20.000 muestras de virus

Weimer y Bandoy luego analizaron 20,000 secuencias del virus SARS-CoV-2 recolectadas de febrero a abril de 2020 en el Reino Unido y las compararon con datos de casos.

Descubrieron que la puntuación de variación GENI aumentaba constantemente con el número de casos. Cuando el gobierno del Reino Unido impuso un bloqueo nacional a fines de marzo, el número de nuevos casos se estabilizó, pero la puntuación GENI siguió aumentando. Esto demuestra que medidas como la prohibición de las manifestaciones, el mandato de máscaras y el distanciamiento social son eficaces para controlar la propagación de la enfermedad frente al virus de rápida evolución.

También podría ayudar a explicar los eventos de «superpropagación» cuando un gran número de personas se infectan en un solo incidente en el que se relajan las precauciones.

Weimer dijo que espera que las autoridades de salud pública adopten el enfoque de medir la variación del virus y relacionarlo con la tasa de transmisión local, R.

«De esa manera, puede recibir una alerta muy temprana cuando se avecina un nuevo brote», dijo. «Aquí hay una receta sobre cómo proceder».

Partes del trabajo habían aparecido previamente en línea como preimpresión. Bandoy está patrocinado por el Instituto de Investigación Avanzada de Filipinas de California.

Fuente de la historia:

Materiales proporcionados por Universidad de California – Davis. Nota: El contenido se puede cambiar según el estilo y la longitud.